Pamplona, 18 de julio de 1936. Está a punto de declararse el estado de guerra. El comandante de la Guardia Civil ha sido muerto por varios disparos a la puerta de la casa cuartel coincidiendo con el inicio del alzamiento militar dirigido por el general Mola. El juez de Instrucción dispone el levantamiento del cadáver, que se practique la autopsia, y ordena a la Comisaría de Vigilancia que averigüe qué ha sucedido e identifique a los autores.
El agente Manuel Salvador, del Cuerpo de Investigación y Vigilancia, con ayuda del agente auxiliar Onofre Mansilla, es el encargado de efectuar la investigación. En una ciudad levantada en armas contra el Gobierno de la República, la misión de investigar un asesinato del cual son sospechosos los mismos que han tomado el poder por la fuerza resulta muy peligrosa y de éxito más que dudoso.
La novela policial, explicó Tzvetan Todorov, «no contiene una sino dos historias: la historia del crimen y la de la pesquisa». En Seis heridas de arma de fuego Miguel Izu combina la historia de un crimen real con el relato ficticio de su investigación.
